一种含有复合活性盐的水性环氧防腐涂料及其制备方法，所述涂料包括A组分、B组分，两者质量比为(3～5)：1；A组分包括：水性环氧乳液35‑40份，碳黑1‑2份，云母粉10‑15份，沉淀硫酸钡10‑15份，复合活性盐亚磷酸盐/偏铝酸盐10‑20份，润湿分散剂1‑2份，消泡剂0.3‑0.5份，流平剂0.3‑0.5份，触变剂2‑3份，去离子水20‑30份；B组分包括：水性环氧固化剂7‑10份，助溶剂3‑5份，去离子水10‑15份，含氨基的有机硅单体1‑3份。本发明选用亚磷酸盐/偏铝酸盐复合活性填料作为防腐填料，与树脂结合形成一层固化膜，制备的水性环氧涂料组合物所形成的涂层具有优异的耐盐雾、耐阴极剥离、耐海水浸泡和耐去离子水浸泡的防腐性能，同时具有优良的附着力。